خانقاه یکی از روستاهای استان آذربایجان شرقی است که در دهستان قرهناز بخش مرکزی شهرستان مراغه واقع شدهاست. و براساس سرشماری مرکز آمار ایران در سال 1390،جمعیت آن 723 نفر ودارای 212خانوار بودهاست.
روستای خانقاه در 7 کیلومتری جنوب غربی مراغه قرار دارد از آثار تاریخی آن می توان به پل خانقاه مربوط به دوره صفویه اشاره کرد.
محصولات این روستا انگور،گردو و سنجد میباشدبه طوری که انگور این منطقه بسیار مشهور است . متاسفانه در سالهای اخیر به دلیل فعالیتهای شرکت کاوه سودا که یک شرکت تولید کننده مواد اولیه شیمیایی میباشد بخش اعظمی از اراضی این روستا و روستاهای مجاور کاملا آلوده شده و از بین رفته اند به طوری که امکان هیچ گونه عملیات کشاورزی در این منطقه وجود ندارد.